少年偵探隊本來是跟著阿笠博士一起出來露營，沒想到居然在森林中發(fā)現(xiàn)了一個鐘乳石洞穴，柯南四人立刻進洞探險，卻在這里碰到了一伙兒搬運尸體的歹徒，而柯南為了掩護大家逃跑中彈受傷，之后，便血流不止，元太背著柯南尋找出口，可身后的歹徒也循著聲音疾步追來，失去了柯南的指引，少年偵探團剩下的三人會采取什么樣的行動？

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時，君惠說她有今年祭典購買號碼牌的名冊，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊死在倉庫的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險為夷？

柯南、小蘭和小五郎回家的路上，看到一間公寓里有人發(fā)生了爭吵，正準備上前阻止時，一位老人說這種爭吵已成家常便飯，不用理會。然而，第二天居然在這間公寓里發(fā)現(xiàn)了尸體，就在小五郎懊悔沒能救人時，事務所突然沖進了一位叫中本的年輕人，他聲稱自己是無辜的，雖然昨晚看似自己和死者在一起發(fā)生了爭吵，可這根本就是死者所演的獨角戲，隨后小五郎又找到了能證明他清白的錄音帶，本以為一切塵埃落定，柯南卻發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺。

小五郎和蘭和柯南住進了建在山里的山莊。在那里住宿的客人中有“城市獵人”節(jié)目的演員砂岡和工作人員。小五郎和大家一起去燒烤，不久聽到了槍聲，砂岡被殺害了。經(jīng)過調(diào)查每個人都有很充足的不在場證明，而調(diào)查證據(jù)也顯示兇手竟是從對面的懸崖開的槍。柯南經(jīng)過分析后將兇手鎖定在三人之中。

灰原這么做的目的是要叮嚀柯南坦白有風險，讓他謹慎考慮，并在他面前擺出三個選擇，柯南會如何抉擇？另一邊，帝丹高中園游會的當天，話劇在體育場上演的時候，觀眾席竟然出現(xiàn)了謀殺案件，這時，突然出現(xiàn)了一位迷之少年，當他摘掉隱藏身份的帽子時，在場的所有人都驚呆了，許久未露面的工藤新一居然會出現(xiàn)在這里，然而，和葉卻揭穿了這個家伙的真實身份。