小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車主車谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f(shuō)發(fā)生車禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌娺^(guò)這兩輛車子，當(dāng)時(shí)明明是開往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

小五郎受東山先生之邀來(lái)到獵戶座企劃公司，沒(méi)想到在這里打電話聯(lián)系東山先生的時(shí)候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時(shí)在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場(chǎng)證明。之后，隨警方來(lái)到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線索，即使案件多么錯(cuò)綜復(fù)雜但真相只有一個(gè)！

殺人案件發(fā)生之后，警方立刻調(diào)查旅館中所有人的不在場(chǎng)證明，與此同時(shí)，小五郎等人分別進(jìn)入德備、荒巖以及野平的房間，查看他們是否有能夠運(yùn)送液體的容器，期間，身為畫家的德備提議把小蘭所看的到的河童畫下來(lái)，就在大伙聚在德備房?jī)?nèi)研究河童時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他將大談外星人理論的山村警官麻醉，說(shuō)出了事情的真相，至于小蘭看到的河童，那不過(guò)是……

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來(lái)，沒(méi)過(guò)一會(huì)，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時(shí)，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)找到玻璃球的柯南等人也趕來(lái)宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時(shí)不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動(dòng)，這時(shí)，養(yǎng)子知晃說(shuō)起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒(méi)想到魔犬再次出現(xiàn)。