暮目警官趕來(lái)寺院展開(kāi)調(diào)查，就在大家一籌莫展準(zhǔn)備離開(kāi)時(shí)，獨(dú)自調(diào)查的柯南從被強(qiáng)大力量打破的墻壁、切口變形的走廊木板、被丟在樹(shù)林里的角窗碎片和膠帶中洞察到了兇手的犯案手法，以及兇手就在四個(gè)修行僧當(dāng)中，他用阿笠博士給他的紐扣擴(kuò)音器道出真相，而兩年前以同樣手法殺死修行僧忠念的居然另有其人。

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識(shí)了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來(lái)到毛利偵探事務(wù)所，說(shuō)總感覺(jué)有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來(lái)到洋子住處，可開(kāi)門(mén)后居然有具死尸橫在門(mén)口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰(shuí)才是真正的兇手。

小五郎的學(xué)長(zhǎng)寺岡請(qǐng)他們吃烤肉的時(shí)候，突然接到一個(gè)名叫松山的人的電話(huà)，為勸說(shuō)此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見(jiàn)的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其后，到達(dá)碼頭后，寺岡單獨(dú)去見(jiàn)松山，可不一會(huì)兒，大家就聽(tīng)到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官說(shuō)手槍上除了寺岡和松山還有第三個(gè)人的指紋，柯南仔細(xì)思考之后，斷定這枚指紋就是讓犯人認(rèn)罪的完美證據(jù)。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫(huà)有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周?chē)归_(kāi)偵查卻一無(wú)所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰(shuí)？

戶(hù)屋英子是服裝界的名設(shè)計(jì)師，但是她所設(shè)計(jì)的服裝卻搶先被其它的廠(chǎng)商發(fā)表上市。明明知道是她的秘書(shū)盜取商業(yè)機(jī)秘圖利轉(zhuǎn)售卻又無(wú)可奈何。這天小蘭被選為英子的模特和柯南，小五郎一起來(lái)到英子的公司。而就在這時(shí)突然發(fā)現(xiàn)英子的秘書(shū)美香被刺身亡。在勘察現(xiàn)場(chǎng)之后柯南最終發(fā)現(xiàn)了英子殺人的手法，而在鐵證面前，戶(hù)屋英子也承認(rèn)了自己的罪行。