湘云出行未遠，即被書商陳未元劫持，原來二人本是夫妻，陳未元貪圖謀利，視“紅樓”奇貨可居，來日待價而沽。湘云曾為曹雪芹校訂書稿，深知其中三味，愛書心切，惟恐被毀，攜之東躲西藏，夫妻反目成仇。看來要使《紅樓夢》得見天日，只能借助于皇上了，紀曉嵐遣皇差向遠在泰安的皇上獻上了幾冊散裝的書稿，易名為《石頭記》，請太后、皇上消遣閱讀。或許是旅途苦悶，太后讀后愛不釋手，連下八百里文書，催要下文。 莫愁搭救湘云，私闖陳宅，被福康安擒拿，紀曉嵐借口自己與莫愁、湘云等俱是《石頭記》作者，必須共同合作，才能盡早把續書寫出，交太后的差。在皇帝近侍藍侍衛的陪同下，名正言順地解救了莫愁、湘云，并再次拿到了“紅樓”書稿。 紀曉嵐以一堆白紙偽稱書稿，交官差千里迢迢，進獻急不可待欲知下文的皇上及太后。陳未元對紀曉嵐恨之入骨，慫恿福康安在紀曉嵐裝訂書稿時來一個人臟俱獲。

齊蘇圖對大夫洪仁軟硬兼施，得到了一劑可以使人致瘋的藥方。齊蘇圖讓牢頭將藥放到雞湯里。紀曉嵐用散銀試出湯里有毒。為了麻痹對方，紀曉嵐假裝將湯喝下。小月在和珅手下的胡亂指示下，找遍了每個地方卻一無所獲。銀妃懇請乾隆嚴查齊家暴尸一案，乾隆應允。紀曉嵐無意中得知湯里的藥會使人致瘋，于是將計就計，開始裝瘋。小月發現了一直跟梢的劉全，知道其中有鬼。小月要進宮面圣，和珅忙加以阻攔。這時劉全來報，聽說紀曉嵐瘋了，和珅立刻變得有恃無恐起來。得知紀曉嵐失蹤，乾隆決定查個究竟。乾隆設計假裝巧遇和珅和小月，然后提出要調查吏治，誰先進牢誰贏。和珅大鬧集市，誰知官差視而不見。乾隆假裝要殺小月，官差卻見死不救。三人使盡渾身解數，終于同時入了獄，監獄里發現了瘋瘋癲癲的紀曉嵐，乾隆和小月見狀痛心疾首。乾隆怒斥順天府尹玩忽職守，將其革職查辦。紀曉嵐在大殿之上裝瘋賣傻，把和珅和齊蘇圖一頓臭罵，透露了很多隱情。

和珅擔心張了了會牽連自己，便想用乾隆之手殺其滅口。紀曉嵐說出張了了是受人指使的真相，乾隆堅持給張了了定罪，關鍵時刻，小月趕到并拿出乾隆的扳指替張了了求情，乾隆成人之美，讓其與柳哥相聚。父女得以團聚。乾隆責怪和珅、紀曉嵐此行辦事不力，押送兩人坐囚車回京，以示懲罰。途中，二人依然針鋒相對，樂此不疲。瑤琴意識到乾隆身為一國之君，并不能給予自己想要的平靜生活，于是拒絕與乾隆一同回京，表示要與父親歸隱山野，乾隆無限失落。回京后，乾隆罰和珅、紀曉嵐掃地，兩人邊掃邊唇槍舌劍。乾隆暗得意，自知只有正邪共存，兩者相斗，自己才能享受安寧。"

紀曉嵐以虛套實，誘騙燕城知府交待出他與欽差大臣福康安等共同侵吐賑災糧款的罪行，努力搜集各種證據。隨之而行的小月天真、率真，常常不假思索地流露出實情。幸虧紀曉嵐見機行事，巧妙周旋，才未露破綻。 莫愁陪皇上費勁周折終于找到了奶娘的故居，未料其家人俱已亡故。二人剛要離開，遭一群不明身份者追殺。萬分危急之際，被一雍容華貴的老婦人相救。在老婦人家的高欞上，皇上猛然發現了與那半片金鎖相吻合的圖案。難道自己的身世之謎馬上就可以云消月明、水落石出了嗎？皇上忐忑不安，扼腕嘆息之間，種種顧慮又上心頭。 福康安以護駕之名，趕至燕城，指證紀曉嵐假借和之名，二人對質，憑著一副所向披靡的鐵齒銅牙，紀曉嵐變被動為主動，化腐朽為神奇。弄得那些不明真相的燕城官員莫衷一是，氣得福康安七竅生煙。 和派人以所謂的“天地會”之名，假意擁戴十四王爺篡權奪位，實則包藏禍心，以嫁禍十四王爺而使皇上放棄對貪污案的關注，四姑娘覺察到其中盤根錯節的險情，將王爺救出。 皇上步入佛堂，手中半片金鎖與桌上的金鎖恰是一對，臉上一片難掩之情，恰在此時，身后射來一簇飛鏢。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。