柯南注意到這些音符并將其解讀，這時，當(dāng)?shù)氐睦暇煺f倉庫里有麻生圭二留下來的樂譜，這種重要線索柯南自然不會放過，他和警察一起去找樂譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當(dāng)在看到麻生圭二留下來的樂譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領(lǐng)結(jié)和廣播室說出真相。

麗花身上有被捆綁的痕跡，柯南在調(diào)查中扭開水龍頭的時候，發(fā)現(xiàn)水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之后，接下來就是找證據(jù)，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更加確定了自己的推測，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動機(jī)則源于兩年前。

柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報告時，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長殺害的玉田的尸體時，沒想到館長也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險？

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費住宿并可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻墜樓生亡！

一群人為長門會長慶祝生日的時候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時大家在樓下的陽臺上看到長子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。