小蘭受邀來(lái)到園子家的別墅，參加園子的姐姐綾子大學(xué)電影社的社員的聚會(huì)。被太田邀請(qǐng)?jiān)谟曛猩⒉叫√m，突然遭到神秘繃帶男的襲擊，還好柯南等人趕到小蘭才免遭傷害，大家決定報(bào)警可電話卻打不通，而門外的吊橋也被人砍斷，接著大家看到繃帶怪人擄走知佳子，并森林里找了知佳子被肢解的尸體，深夜，繃帶怪人潛入小蘭房間，想要置小蘭于死地。

小川醫(yī)生這兩年來(lái)不斷收到未署名的錢和玩具，實(shí)在是不知道來(lái)歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實(shí)是中古品，而小蘭也因此開(kāi)始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過(guò)程中看到柯南翻閱病例的小蘭對(duì)柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開(kāi)偵查卻一無(wú)所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰(shuí)？

因洋子推薦慈善高爾夫大會(huì)，小五郎抓緊練習(xí)，而在高爾夫球場(chǎng)還有其他一行人打球，分別是某開(kāi)發(fā)部的經(jīng)理橘、課長(zhǎng)安井、主任大久保和社員南，橘和安井的技術(shù)非常好，安井將球打完后，休息了一會(huì)兒便離開(kāi)了，這時(shí)，球場(chǎng)突然發(fā)生爆炸，橘死亡，除離開(kāi)的安井外，其他兩人均受傷，小五郎順利的推理出兇手就是安井，但柯南確認(rèn)為真兇另有其人……

這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時(shí)巧遇大學(xué)時(shí)代的同學(xué)大村。因?yàn)橛惺律塘克麄円煌搅舜蟠宓墓ⅰＴ谖堇锖炔枵f(shuō)話時(shí)，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個(gè)男人倒地身亡。在警方調(diào)查下發(fā)現(xiàn)死者生田是在和同學(xué)聚會(huì)的途中出去后死亡的。而在勘察了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人使尸體自動(dòng)摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認(rèn)了罪行并坦白了自己殺人的原因。