隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時鐘的男人的帶領(lǐng)下來到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個角度思考謎面，并成功找到了第一個線索，沒想到這時卻……

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時，眼前出現(xiàn)了一個洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

某日清晨，柯南等人正在觀察4只青蟲時看到有警車在附近停靠。為打探消息柯南他們隨即趕往現(xiàn)場。根據(jù)高木刑警的敘述得知，獨自生活的一位老人被殺。利用午休時間，高木等人來到學(xué)校。據(jù)說昨晚，有個少年剛巧目擊了犯罪經(jīng)過警方隨即來尋找那名少年。高木雖然找到了那名目擊者圭一，但是圭一卻不承認(rèn)看到過犯人。

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認(rèn)識了兩情相悅卻無法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過篩選，具有殺人動機的有四個人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說曾見過福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場，可福間卻對此沉默不語像是在保護(hù)什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？

小五郎受狩谷伴子太太所托來到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機，隨后大家分別對可能拿走手機的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢問，卻并未找到，反而在小五郎等人離開的時候，伴子找到了手機。本以為一切就此結(jié)束，誰也沒想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個人都有不在場證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……