一家房地產(chǎn)公司的黑心社長東先生和他的助手河西找到了毛利小五郎，他們稱自己接到了殺人預告電話，而對方的目標就是東先生。嫌疑人有三個，小五郎和柯南一一找他們確認過，調(diào)查過程中柯南察覺到了一絲異常。三個嫌疑人被叫到了一起，柯南麻醉了小五郎后展開了推理，但就在結(jié)果出來后眾人卻都露出了詭異的笑容。

根據(jù)死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時他發(fā)現(xiàn)還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來了三名有作案嫌疑的游客，經(jīng)過秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時他也意識到，世良可能已經(jīng)知曉自己的真實身份。

小五郎和柯南準備外出吃飯的時候正巧看到了交通事故，駕駛車輛的是菊池俊明，而被撞死的人是他的熟人堤先生，看到堤的尸體后菊池痛哭流涕，而警方在堤的外套里找到了一封遺書，據(jù)此將這起事故作為自殺案件處理。菊池的舉動和現(xiàn)場的細節(jié)引起了柯南的懷疑，他知道這并不是一起自殺案件。

毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調(diào)查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調(diào)查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現(xiàn)行，不料卻發(fā)現(xiàn)谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

毛利小五郎帶柯南和小蘭來高級餐廳用餐，進門后三人發(fā)現(xiàn)桌上擺滿了食物卻沒有客人，并在廚房發(fā)現(xiàn)了倒在地上的廚師口石先生。清醒后的口石先生告訴三人，原本有五名客人在餐廳里用餐，不料自己在做飯時遭到了歹徒的襲擊，客人們也不知去向。毛利小五郎馬上通知了目暮警官，并查清了每個客人的身份，然而卻難以判斷消失的客人們?nèi)チ撕翁帯Ｕ谶@時，擺放在餐桌上的甜點和雜物引起了柯南的注意。