這天小五郎把打同樣喜歡麻將的肥田叫出來打麻將，可左等右等肥田都沒出現，于是決定到肥田的金融公司去看個究竟。當他們到達肥田的住所時卻發現肥田已經死亡！在詢問死者習慣的時得知肥田有把錢弄成扇形并舔手指數錢的習慣，而小五郎根據這個判斷兇手就是飯野。但在勘察現場之后柯南推理出犯人并不是飯野而是另有其人。最終在鐵證面前兇手承認了自己的罪行。

某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機逃脫，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點，可不幸的是他行跡暴露，面具人對他槍口相向……

少年偵探團，在機緣巧合下和最受歡迎組合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會的會場。后來在餐廳外，歹徒當著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團拿著TWO-MIX最新的歌曲練習帶去交換人質，歹徒在電話里讓少年偵探團把警察甩掉并讓步美一人前去，于是柯南和步美調換身份。

少年偵探團到商場看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場里的假面超人簽名被關在了已經打烊的店里。誰知外表看似寂靜的百貨公司實際上卻一點也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛和工作人員！看似單純的強盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強盜集團的少年偵探團正陷入極度的危險之中！最終少年偵探團的孩子們成功的化解了百貨公司的危機。

新一遭到某人綁架到白色房間，而且被迫回想起許多過去發生的案件。新一好像突然想到什麼，對著小蘭說”這一切都是你做的”。可是就在此時，兩人突然被玻璃隔開，房間里放出白色的煙霧，不久後兩人都失去了意識。當新一醒來的時候，已經離開白色房間，而且在現場有很多警察。第一個反應就是要找小蘭的他，卻發現法醫站在小蘭身邊，而且後來還告訴她小蘭已經死掉的消息...