柯南在死者村西真美家發(fā)現(xiàn)了四處疑點(diǎn)，在少年偵探隊(duì)的提醒和暗示下，高木終于知道了案件的真相，大家找到真兇用證據(jù)讓他承認(rèn)罪行。而另一邊，杯戶美術(shù)館則即將在市民的矚目和阿笠博士的熱帶彩虹炸彈中爆破，可佐藤警官和東田還在美術(shù)館內(nèi)，情況危急，佐藤警官真的會(huì)葬身美術(shù)館嗎？

在醫(yī)院醒過(guò)來(lái)的小蘭看到麻美平安無(wú)事便和園子一起出去買(mǎi)東西，但等她們回來(lái)之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見(jiàn)了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢問(wèn)現(xiàn)場(chǎng)狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢問(wèn)當(dāng)時(shí)他們買(mǎi)東西的場(chǎng)景，在老板指出有一人行動(dòng)奇怪后，柯南便知道了放火就是那個(gè)人！

某天，小說(shuō)家任太朗的女兒香保里來(lái)到小五郎的事務(wù)所，拜托他找兩個(gè)月前留下紙條就突然失蹤的父母，可奇怪的是任太朗每個(gè)星期連載的小說(shuō)卻會(huì)按時(shí)傳真到出版社，于是，柯南一行人趕到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了幾點(diǎn)難以理解的部分，然而這些就是拯救任太朗的主要線索，柯南從小說(shuō)中讀出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

當(dāng)新出醫(yī)生得知來(lái)取健康檢查結(jié)果的小五郎，就是傳說(shuō)中的大偵探之后，便邀請(qǐng)小五郎，小蘭和柯南留在他家里吃便飯，但在飯前卻突然停電，來(lái)電之后，大家在浴室里發(fā)現(xiàn)新出醫(yī)生的尸體，同時(shí)，在浴缸里還發(fā)現(xiàn)了一把刮胡刀，乍一看像是因?yàn)橛|電而死的意外事件，但在柯南看來(lái)卻是一場(chǎng)有預(yù)謀的殺人案件。

柯南一直到吃晚飯的時(shí)候都還不見(jiàn)蹤影，博士去找他時(shí)也被不明人士打昏。深夜，不放心博士和柯南的灰原等人決定在古堡進(jìn)行搜索，然而他們卻沒(méi)有發(fā)現(xiàn)兇手正悄悄跟在他們后面，大家跟著灰原來(lái)到柯南消失的密室，并發(fā)現(xiàn)了血跡和石頭上的留言，古堡越來(lái)越詭異，之后，光彥和元太也不知了去向，步美和灰原進(jìn)一步深入古堡，就在她們也發(fā)現(xiàn)那具骷髏時(shí)，兇手出現(xiàn)。