高木警官完全沒有向任何人告知行蹤便獨自出了遠門，在警視廳門前等待高木警官的少年偵探團們遲遲等不來人，這時一個男人交給了他們一個說是高木警官送來的包裹。佐藤警官打開包裹后發(fā)現(xiàn)里面放著一個平板電腦，按下電源后看到的竟然是身處于危險之中的高木警官，即便高木警官還保持著冷靜，但體力透支的他還能撐多久？

在小蘭做出大膽舉動的同時新一也開始了推理，當(dāng)沢栗熏得知最后離開妹妹房間的人是光井后，便將槍口指向她，但新一卻說兇手不是她，緊接著他說起了死者的成名推理作品，將沢栗未紅與書中主人公的命運向聯(lián)系，正是這種亦真亦幻的錯覺導(dǎo)致她自殺死亡，聽到新一這樣的推理，沢栗熏難以接受，就在他精神崩潰之時，警察沖進來將他制服，雖然最大的威脅解除，但這起案件并未結(jié)束。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時，少年偵探團的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時身邊的伙伴們都消失不見，獨自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

寒假的這天柯南發(fā)燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒有辦法參加。就在和步美通電話時忽然有個叫做正南的小男孩說有陌生人闖進家中敲開了步美家的門，但之后他的父母便過來把他帶走了。看似小孩子的惡作劇但柯南卻發(fā)現(xiàn)其實他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險！于是少年偵探團的各位來到正南的家里一探究竟。

為了補償先前被卷入鈴木號特快車內(nèi)發(fā)生的恐怖事件，園子邀請毛利一家和柯南前往度假，而暴露身份的波本竟然以網(wǎng)球特別教練的身份也出現(xiàn)在那里，被球拍砸到的柯南不幸受傷，簡單的治療之后他被帶到附近網(wǎng)球社成員的別墅休息，當(dāng)他醒來時卻發(fā)現(xiàn)房間里有一具不自然的尸體。