柯南和小蘭到電玩城拍攝大頭貼的時候，卻在這里遇到了一位專注于射擊游戲任職帝丹高中的英文老師茱蒂，小蘭在她的建議下向一個格斗游戲機挑戰，最后卻敗在一個游戲玩家尾藤賢吾的手下，沒有想到在與下個對手對決的途中，這個尾藤竟然意外的死在座椅上，調查之后排除了自殺的可能，那么，兇手一定就在那四嫌犯當中。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務之急是找出歹徒的同伙，當公車駛入隧道時，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準備帶走一名人質以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間采取行動……

阿笠博士的朋友加納照也由于近日就要搬家的緣故，所以計劃將用不到的東西送給朋友，柯南等人在這里遇到了加納在愛犬協會的朋友綱島吉雄、土佐林和蓮木志乃，就在大家思考要帶什么東西回家作紀念的時候，加納家飼養的一只小狗道爾不見了，后來大家在焚化爐里找到道爾脖子上的項圈，但幸運的是焚化爐里并未發現狗的骨骸，那么，道爾到底被歹徒藏在哪里了？他又打算怎么帶走道爾呢？

博士請大家在一個叫Peach Sunny的咖啡店吃甜點，期間，在靠窗位置有兩個正在爭吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時，突然沖進了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫的社長大原，意外發生時，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場看似意外的案件其實是有人蓄意殺害，那么，兇手是誰？他又采用了什么樣手法？

正當少年偵探團在西多摩郡龍神山游玩之時，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現場拿到寫著暗語的紙條。從寫著暗號的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號所指示的地點，在這里他們發現了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。