柯南和小五郎看到和果子店老板娘相川與警察發(fā)生爭吵，詢問得知，住在這棟公寓的小澤死亡，相川說她曾看到一名男子出入小澤家，因此認為小澤是他殺，然而從對現(xiàn)場的勘察來說，警察認為是自殺，于是，小五郎和柯南介入調(diào)查，并且警方還叫來了相川口中的殺人犯清水，雖然清水有足夠的不在場證明，但相川卻堅持認為兇手就是清水，這兩人之中，一定有人在說謊！

小五郎一直暗地里跟蹤的人見松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場的還有一個叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認識死者。與此同時，他的雙胞胎弟弟人見竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關系，外出與松一郎會面。兄弟兩人在同一時間死在不同的地方，難道這真的是傳說中的心靈相通？

柯南和服部必須在第九局下半場前解開暗號，可是時間已經(jīng)不多，這個空白暗號到底代表著什么，這時，柯南靈光一現(xiàn)想起了看臺上所缺少的17和22號門，但情況危急，必須爭分奪秒，之后服部和柯南推斷出了暗號所指的位子，沒到竟然就在小蘭她們附近，三人緊忙跑去，果然找到了第三支手機，根據(jù)手機上的數(shù)字，柯南很容易就找到了這個甲子園惡魔的位置，而他又有什么樣的苦衷？

為了做天體觀測，阿笠博士帶著少年偵探隊來到一個坐落在深山里的旅館，期間結識了旅館老板天土，以及應邀而來的野之宮悅子、二川和御上。就在大家準備上山看星星的時候，居然發(fā)現(xiàn)了一具已經(jīng)化為白骨的尸體，死者還故意留下了死亡訊息——六根煙頭，當晚，二川的尸體被少年偵探隊發(fā)現(xiàn)，并且他的手中也握著煙頭。

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時鐘的男人的帶領下來到了謎題的所在——天使之館，當晚九點，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無角牛，可是卻沒有更進一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個角度思考謎面，并成功找到了第一個線索，沒想到這時卻……