最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

被神秘力量附身的志乃爆發了所有的負面情緒，他放任蟲子肆意攻擊，在暴走的老師面前博人一行連逃跑都非常吃力。鹿臺從一開始就不信任巳月，為了打敗老師他提議讓巳月來擔當誘餌，但這卻遭到了博人的反對，博人準備在不犧牲任何人的情況下解決事件，包括想要至他們于死地的志乃老師。

大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。

幽靈事件解決后博人的神秘力量就再也沒有發動過，但他更擔心的是班長堇的現狀。校舍接近完工，志乃老師讓大家重新組隊進行實戰訓練，這是為了讓同學們多做嘗試，借此找到畢業后能夠一起組隊的同伴，這個時候大家都想起了缺席的堇。堇現在的狀況非常尷尬，要不要回到學校還得看她本人的意愿，為此志乃親自去探望了堇。

卡卡西沒有留給博人反抗的機會，他指出博人缺少忍者的覺悟，并直言忍者學校的眾人全都沒有真正重視忍者這個職業，而這全都是受到了博人的影響。巳月和巖部趕到后救走了博人，卡卡西的話讓博人非常自責，但同伴們卻認為博人帶給自己的更多是積極的一面，在同伴們的鼓勵下博人重新振作了起來，新一輪的攻防開始了。