簡(jiǎn)單問(wèn)過(guò)案情之后，小五郎隨警方來(lái)到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒(méi)錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？

對(duì)三天后即將失效的殺人案兇手不斷發(fā)出挑釁言論的犯罪心理學(xué)家平棟堂次，在自己家中遭到殺害，兇手在他的背上刻下了Z字型傷痕。為找尋更多的線索，柯南等人跟著高木警官來(lái)到了二十年前的受害人家中詢問(wèn)相關(guān)案情，雖然只得到了零星線索，但柯南卻將它們串聯(lián)起來(lái)并發(fā)現(xiàn)了共同點(diǎn)，那就是這四名被害者或許是一起打麻將的牌友，于是，高木和柯南等人決定順藤摸瓜，逐一調(diào)查他們可能去過(guò)的麻將館。

超級(jí)粉絲庵野先生看過(guò)照片之后十分確定英祐的姐姐就是水無(wú)憐奈，他還特意播放了一段水無(wú)憐奈在火災(zāi)中獻(xiàn)血的的影像，但即便如此，英祐還是不承認(rèn)這個(gè)主播就是姐姐，因?yàn)樗驮o自己輸過(guò)血的姐姐的血型不同。幾日后，英祐再次來(lái)到事務(wù)所，說(shuō)自己會(huì)去奧平家取媽媽留下遺物，碰巧小五郎也正準(zhǔn)備去那里調(diào)查一年前發(fā)生的命案，于是，一行人來(lái)到奧平家，柯南從親子手冊(cè)上確定了英祐的血型，而另一邊，小五郎也展開(kāi)了調(diào)查。

柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺(jué)到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見(jiàn)面的餐館時(shí)碰巧遇見(jiàn)了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來(lái)的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰(shuí)，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

服部打電話告訴柯南雖然沒(méi)有查到水無(wú)憐奈的過(guò)去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來(lái)到了據(jù)說(shuō)有英祐父親照片的模型店店長(zhǎng)的家中，可是，店長(zhǎng)卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見(jiàn)了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來(lái)看，柯南斷言一定有人曾入侵過(guò)這個(gè)房間。