洋房的主人傳了封群組訊息集合所有的兄弟姐妹，此時大家看到了浮現(xiàn)在窗邊驚悚模樣的主人，一起目擊了飛翔在天空中的怪物，隨后他們還發(fā)現(xiàn)了次男的尸體，案件愈發(fā)的破朔迷離。這起靈異的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有著千絲萬縷的關(guān)系，而策劃那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。

撿到地圖上的四個記號讓光彥等人認為將會有案件發(fā)生，少年偵探團再次出動逐戶去敲門提醒，而這四戶中的香月先生卻意外身亡。調(diào)查回來的柯南遇到了發(fā)現(xiàn)香月先生的小狗酷兒，趁光彥等人不注意而被偷走的地圖正是酷兒的主人八木澤先生為了遛狗理由而畫下的，偷走這樣地圖的無疑就是這次事故的兇手，而關(guān)鍵詞則是香煙。

經(jīng)過不斷的調(diào)查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時又收到了來自洋房主人的簡訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現(xiàn)出來的臉是……

警方、柯南以及公車上遇到過的偵探世良真純一起進入別館進行調(diào)查，他們在二樓發(fā)現(xiàn)了帶有釣魚線的電動輪椅，在死者墜落的六樓發(fā)現(xiàn)了窗戶下方的油漆和油桶，加之別館使用的是前后各有一扇門的電梯，將這些線索全部串聯(lián)起來之后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是那個人！世良先柯南一步破解案件并場景重新，然而結(jié)果卻并非大家所期待的那樣，人偶并沒有墜樓，到底是哪里出現(xiàn)了錯誤？

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請下，少年偵探團的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機關(guān)，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們在宅邸四處參觀時突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。