某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜托小剛在他出差的時候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調查坂口兒子正人自殺的事時，發現正人的自殺和小剛有關，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

柯南和小伙伴們在河里抓魚時，發現對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，并看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之后，柯南和伙伴們在對面的樓頂找到了留有3135134162數字的計算器，之后柯南便對著這些數字苦思冥想，認為求救者留下的162就是指162國道，找到相應的路段后，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正含義。

在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進一步詢問得知，此人名叫遠藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據點的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質解救。

柯南要陪步美拔牙時，被葉子醫生婉拒。而當晚七點半不動產老板中本被殺，發現尸體的人就是葉子和管理員，雖然葉子有殺人的動機，但由于步美的證詞，葉子有不在場的證明，因為她那時正在陪步美看七點半開始的假面超人?？履弦蝗嗽谌~子家附近調查，看到葉子家和診所一樣的窗簾，柯南便知道了葉子的手法，并且那副假面超人的撲克也成了重要的證據。

新一遭到某人綁架到白色房間，而且被迫回想起許多過去發生的案件。新一好像突然想到什麼，對著小蘭說”這一切都是你做的”。可是就在此時，兩人突然被玻璃隔開，房間里放出白色的煙霧，不久後兩人都失去了意識。當新一醒來的時候，已經離開白色房間，而且在現場有很多警察。第一個反應就是要找小蘭的他，卻發現法醫站在小蘭身邊，而且後來還告訴她小蘭已經死掉的消息...