柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時間內(nèi)沒有打開，郵件將自動刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對？

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場。而之后那個中年男子在爭斗中從站臺掉下下去當(dāng)場死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因為女朋友遇到車禍而報復(fù)殺人的事實。

高木警官和佐藤警官瞞著警局里的同事們，偷偷在熱帶樂園的水世界見面，為了阻撓他們的約會，警局的同事們暗中搗鬼，安排柯南，光彥等人出現(xiàn)在他們面前，就在這個時候，高木警官原本裝有求婚戒指的包居然出現(xiàn)毒品，之后，他意識到這一定是在搭乘“海地五萬里列車”時被人調(diào)了包，柯南根據(jù)這個包包的肩帶判斷出他的主人是個左撇子，并根據(jù)當(dāng)時所拍攝的照片和游客所填寫的信息表，將目標(biāo)鎖定在一個叫高城登的人身上。

警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報的美國女演員克麗絲。同時柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報，一起去朱蒂的家里。就在這時從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時候平次指出了他殺的證據(jù)。

柯南與少年偵探團(tuán)與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見在看電視轉(zhuǎn)播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉(zhuǎn)會而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而這個赤野在支持者混雜的電車內(nèi)被殺害了。在柯南等各位少年偵探團(tuán)的幫助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此時灰原卻默默的走離人群？