在被害人波土的遺物中發(fā)現(xiàn)了他親手所寫(xiě)的字條，經(jīng)紀(jì)人和社長(zhǎng)隨即回憶起了波土生前的往事，眾人這才得知經(jīng)紀(jì)人小姐原來(lái)竟是波土的前女友。而在舞臺(tái)上發(fā)現(xiàn)的繩索和折疊椅也為柯南等人提供了線索，經(jīng)過(guò)波本對(duì)繩索的一番講解和演示，眾人共同推理出了波土的死因和兇手的真實(shí)身份。

根據(jù)死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時(shí)他發(fā)現(xiàn)還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來(lái)了三名有作案嫌疑的游客，經(jīng)過(guò)秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時(shí)他也意識(shí)到，世良可能已經(jīng)知曉自己的真實(shí)身份。

和柯南推測(cè)的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場(chǎng)消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽(tīng)到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號(hào)稱(chēng)靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

利用步美找到的暗號(hào)解讀表，柯南本以為能順利解開(kāi)暗號(hào)，不料卻遇到了瓶頸。正當(dāng)此時(shí)，若狹老師再次拜托少年偵探團(tuán)前往舊倉(cāng)庫(kù)尋找石灰。來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)的眾人發(fā)現(xiàn)倉(cāng)庫(kù)一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開(kāi)了暗號(hào)的含義，并推測(cè)犯人將再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)。為了避免打草驚蛇，柯南設(shè)計(jì)誤導(dǎo)犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來(lái)到舊倉(cāng)庫(kù)，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

7年前杯戶(hù)街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來(lái)到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來(lái)度假的客人井出正也無(wú)意間談起了7年前很熱門(mén)的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。