旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來(lái)到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍(lán)子的出現(xiàn)，氣氛緩和許多。但就在幾小時(shí)后，龍藏在自己家被人殺害了。在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實(shí)就是自己的親人，因?yàn)榈貌坏礁赣H贊同和支持而疼下殺手。

小五郎接受電視節(jié)目制作公司社長(zhǎng)古川悅子的委托去保護(hù)他的母親。然后在古川家等待悅子回來(lái)的時(shí)候知道了家屬和女傭之間發(fā)生了很多金錢上的糾紛。悅子回來(lái)后去母親的房間叫母親時(shí)從母親的房間傳來(lái)了槍聲。悅子的母親被擊中頭部死亡。經(jīng)過(guò)調(diào)查，柯南發(fā)現(xiàn)了兇手殘留下來(lái)的證據(jù)正是遙控器上指紋的漏洞。最終兇手承認(rèn)了自己的罪行。

小五郎詢問(wèn)阿稔有關(guān)郵票的事情卻得到郵票已經(jīng)不見(jiàn)了的回答，柯南也明白了小蘭看到的拄拐杖的老人的影子和埝被古琴毆打的真相。而柯南也指出春菜收到的音樂(lè)盒其實(shí)是秋悟托付給他人送出的。鬧鬼的屋子的真實(shí)原因其實(shí)是有人背后操作。而秋悟先生的音樂(lè)盒其實(shí)也只是一般的旅游紀(jì)念品而已，真正貴重的是隱藏在音樂(lè)盒里暗語(yǔ)所指示出的郵票。

柯南和小蘭被小五郎帶到OK牧場(chǎng)在途中迷路，巧遇恰好路過(guò)的牧場(chǎng)工作人員后一行人終于到達(dá)牧場(chǎng)。。小五郎因?yàn)橐瘩R術(shù)，到了馬場(chǎng)便參觀了起來(lái)。但是馬場(chǎng)的裝蹄師杉山突然死亡！雖然看起來(lái)是被事故但在柯南的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)這其實(shí)是一起有預(yù)謀的謀殺案！雖然大楠給馬喂了巧克力使馬異常興奮，但真正殺死杉山的另有其人。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問(wèn)灰原身份時(shí)，對(duì)柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識(shí)到可能有黑衣組織的人在車上，然而當(dāng)務(wù)之急是找出歹徒的同伙，當(dāng)公車駛?cè)胨淼罆r(shí)，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準(zhǔn)備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計(jì)劃，他指揮少年偵探隊(duì)做好準(zhǔn)備，在公車出隧道的一瞬間采取行動(dòng)……