博人從昏迷中蘇醒，得知雛田為保護鳴人受傷，而鳴人也被大筒木一族帶走。這次爆炸雖然沒有村民死去，但醫院里滿是受傷的人們，博人內疚跑出醫院，來到火影的辦公樓，但鳴人已經不在了。博人穿上鳴人曾經的衣服，此時佐助和其他影出現，佐助決定帶博人一起去營救鳴人。

董卓欲廢舊立新，自己登基做皇帝。董卓在京城濫殺無辜，一片暴亂。袁紹曹操（鮑國安飾）丁原等人反對董卓此舉，董卓舉兵殺向丁原，不料丁原手下呂布勇武。手下謀士提議說服呂布來投，只需赤兔即可。呂布被策反，取丁原頭顱投靠董卓，董卓依靠呂布再次召集眾臣商議廢除皇帝之事，再次遭到袁紹曹操的反對，董卓不顧反對，進軍長安，垂簾聽政。

幽靈事件解決后博人的神秘力量就再也沒有發動過，但他更擔心的是班長堇的現狀。校舍接近完工，志乃老師讓大家重新組隊進行實戰訓練，這是為了讓同學們多做嘗試，借此找到畢業后能夠一起組隊的同伴，這個時候大家都想起了缺席的堇。堇現在的狀況非常尷尬，要不要回到學校還得看她本人的意愿，為此志乃親自去探望了堇。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

四代水影矢倉曾經用恐懼支配著村子，而神樂是矢倉的孫子，他一直認為自己體內流淌著劊子手的血，為此他放棄了繼承忍刀七人眾的稱號只愿輔佐長十郎，和博人相識改變了這一切。神樂下定決心繼承雙刀鲆鰈，并立志將其用于和平。但干柿尸澄真的出現讓這一切有了變數，他利用神樂的心理陰影推動反叛。