利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

小五郎受J聯賽之邀擔任東京SPIRITS隊和大阪鋼巴隊的比賽開球儀式嘉賓，柯南與小哀他們也跟著小五郎來參觀后臺。步美是東京SPIRITS隊11號赤木英雄球員的粉絲，這次是英雄受傷后的首次出賽，步美本想送自制飲料給英雄，但因規定只能將賽場提供的運動飲料遞給了英雄。小五郎見狀也要了一瓶飲料解渴，但卻沒想到因此引發了不良反應。

唐三忍著被電的劇痛，用藍銀草把鐵籠子的欄桿死死捆住，他拼盡全力往外拉，藍銀草一點點被電枯萎，唐三被電到口鼻出血，鐵籠子的欄桿才拉開一個大縫，唐三因為體力透支暈倒在地，小舞和玉小剛急忙從大縫里出來攙起唐三。唐三掙扎著爬起來，他試圖召喚藍銀草，結果無動于衷，玉小剛勸他不要再浪費力氣了，他的武魂已經徹底廢掉了，蕭塵宇對唐三冷嘲熱諷，逼他俯首稱臣，玉小剛使出雙魂環，蕭塵宇根本不屑一顧，還取笑玉小剛是廢人，玉小剛讓唐三和小舞屏住呼吸，他召喚出沉睡的唐三炮，唐三炮跳起腳來沖蕭塵宇他們放了一個大煙彈，把蕭塵宇和柳龍等人當場熏暈，蕭塵宇揚言要追到圣魂村殺了他們，玉小剛惱羞成怒，返回來暴打他一頓，蕭塵宇嚇得連連求饒。玉小剛斷定蕭塵宇不會善罷甘休，唐三想回圣魂村把父親一起接走。王圣不肯放過這難得的報仇機會，把蕭塵宇一刀斃命。凌風聞訊趕來，看到蕭塵宇被割喉而死，就把昏迷的柳龍叫起來問明緣由，凌風看到被掰彎的鐵籠子，得知此事是玉小剛，唐三和小舞所為，讓柳龍把在場的侍衛都叫起來，一起去圣魂村追殺唐三他們，否則城主會讓所有人陪葬。唐三帶著小舞和玉小剛回到圣魂村，可唐昊不在家，玉小剛發現家具上落了厚厚的灰，猜到家里

小五郎帶蘭和柯南來到東京附近的度假山莊放松，在那里遇到了同樣來休閑的女大學生三人組。小五郎伴著美景喝了許多酒，正當他昏昏欲睡之時，河邊突然出現了異變。河水突然變紅，順水而下居然有一具尸體飄了過來，小五郎立刻清醒跳河救人，等打撈上來后大家驚覺這居然是剛才的女大學生之一的秋葉夕子。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……