柯南、小蘭和小五郎散步的時候，聽到附近大樓傳出女聲的尖叫，聞聲趕到的柯南等人發現不動產社長井本被殺，經過排查，犯人鎖定在了曾經賣漁具的寺沢、來借錢的土橋和協商離婚的妻子貴子三人身上，柯南發現了兇手的法案手法后，利用簡單的道具，提醒小五郎，最終犯人難逃法網。

關西的名高中生偵探服部平次，為了合氣道比賽而來到帝丹高中。工藤新一與平次雖然沒見過彼此，在心里卻把對方當成對手，可是表面上又裝出完全不在乎對方的樣子。後來平次在去帝丹高中的路上碰到搶匪，與毛利蘭一起在回家途中的新一，也一起幫忙追搶匪。後來是靠新一踢足球擊中搶匪，不過也同時打破一間民宅的玻璃，而里面還傳出女人的凄厲尖叫聲...

柯南和伙伴們去美術館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團去調查這些暗號，按照符號的指示先到達東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發現為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團的黑衣人又是誰？

來到第4個房間，日期顯示的是小五郎策劃的一次婚禮的時間。這天，小五郎的朋友本木結婚，由小五郎策劃婚禮。新一被小五郎“聘用”為助理。新一在“工作”中發現本木與一個叫做娜娜的女生有外遇。在婚禮現場，新人收到了一個名為“偷吃我就殺了你”的祝福郵件，新一能保護好大家嗎？

某天一個自稱是新一女朋友的量子前往毛利偵探事務所，此舉引起了小蘭極大的反感。其實量子被拜托看護著名足球運動員赤木英雄的弟弟赤木守，而小守竟遭綁架！迫于綁匪的壓力量子不敢驚動警察才出此下策。在小蘭拜訪量子的時候柯南發覺了量子的難言之隱以新一的身份打來了詢問電話。在柯南的推理幫助下終于找到被綁架的小守而英雄也在得知弟弟被找到后完美的贏得了比賽。