柯南等人來到方斗寺調查會預知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內留宿。正當眾人享用晚飯時，突然從房內傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當兇手跪地坦白自己的罪行時，柯南突然發現案件并沒有結束……

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

外出露營的少年偵探團為了避雨來到了一棟別墅，別墅內的男傭人告訴大家最近房間內有幽靈出現。在交談中，柯南等人得知別墅的女主人不久前剛剛去世，而男主人則認為幽靈是女主人回到了家中。關于出現幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團一同查明真相。

米小圈的班級成功被當選為文化交流班，這意味著一群藍眼睛黃頭發的卷毛將要和米小圈所在的同學相處幾天，同學們第一次接觸外國小朋友，都是滿滿的好奇心。課間十分鐘，同學們便在操場上做才藝展示，外國友人給鐵頭他們展現了剛剛學到的中國武術拳法，鐵頭看得津津有味。該中國小朋友上場了，鐵頭給他們表演了太極拳，太極柔中有剛，出神入化，藍眼睛們也看得入了迷。這次國際交流，不僅僅讓同學們大開眼界，連肌肉老師也非常好奇，來學校的體育老師是個金發碧眼又高挑性感的女性，肌肉老師看到她在拿體育器材，立刻上前幫忙，誰知卻不小心將外籍友人的裙子給刮破了，他非常緊張，立刻將自己的外套脫下來給金頭發，但是對方毫不在意，直接將裙子順勢扯成另外的款式，原來他們在裙子里也有穿內襯，根本不打緊，金頭發將裙子的布片做成絲帶綁在頭上，肌肉老師既佩服又欣賞。按照教材大綱的要求，肌肉老師將調高的桿子放在了標準高度，但是金頭發根本沒有在乎教材的標準，直接提到最高，肌肉老師看到金頭發很颯爽地跳過去，他炫耀著一陣緊實的肌肉正要大顯身手，忽然被跳桿給絆倒了，眾目睽睽下輸給了外國友人，竟然還是個女同志，肌肉老師非常難為情，強忍眼淚跑回到辦公室。阿爾

柯南和平次傳來歷史學家的死訊，眾人陷入恐慌，并認為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細節，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內，待柯南等人趕到時已經喪命。經過一番調查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。