柯南的班級(jí)轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊(duì)也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一張夏目漱石的肖像畫，俊野說(shuō)曾有一個(gè)黑衣女人很賞識(shí)這幅畫，聽(tīng)到這些，柯南馬上聯(lián)想到了黑衣組織，便急忙帶領(lǐng)偵探隊(duì)走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個(gè)使用假錢的男子引起他的注意，于是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

阿笠博士帶少年偵探團(tuán)到野外去露營(yíng)，可卻在回程的途中在森林里迷路，誤打誤撞來(lái)到了一個(gè)被森林環(huán)繞的古堡，所幸主人很熱情的邀請(qǐng)大家入住古堡，然而住在里面的間宮家族好像隱藏這什么秘密，之后，柯南在房間的密室里發(fā)現(xiàn)一具骷髏，就在這時(shí)，有人從背后將他打暈。

步美生病一人在家休息，就連有電話打進(jìn)來(lái)她也因熟睡也沒(méi)有接聽(tīng)，但過(guò)了一會(huì)兒，步美聽(tīng)到有人撬門的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒(méi)來(lái)得及報(bào)警，歹徒就破門而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯(lián)系柯南，因?yàn)椴荒苷f(shuō)話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達(dá)求救訊息，可元太光彥確認(rèn)為步美在惡作劇，柯南會(huì)棄之不理還是解開(kāi)暗號(hào)呢？步美又會(huì)展開(kāi)怎樣的自救？

柯南等人來(lái)到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因?yàn)檫@里要開(kāi)發(fā)觀光而導(dǎo)致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭(zhēng)執(zhí)，次日，觀光公司的社長(zhǎng)小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說(shuō)一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會(huì)嘗到惡果。在對(duì)尸體及其周圍調(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)。

光彥說(shuō)他看到友里百合子在廁所前拼命擦眼淚，這雖然讓大家大吃一驚，但是百合子說(shuō)自己只是去廁所調(diào)整隱形眼鏡而已，這說(shuō)法合情合理，可柯南總覺(jué)得還有疑點(diǎn)，之后灰原一句無(wú)意的話語(yǔ)讓柯南終于明白了事情的真相，于是，他急忙的跑去作案現(xiàn)場(chǎng)找到了證據(jù)，正巧阿笠博士也趕來(lái)接他們，柯南就借阿笠博士之口并重演兇手在放映室的殺人手法，將兇手繩之以法。