乾隆被了凡的絕色容貌所迷惑，喝了被下了藥的茶而昏迷，也被關進地牢。得知皇上和紀曉嵐同在地牢，和珅深感大禍臨頭，于是與敏德商議先發榜，然后再殺了凡滅口以瞞天過海。敏德佯裝要放了凡生路以騙得考試所收的財物。了凡料到自己難逃厄運，便交給敏德一個空箱。待敏德發現，為時已晚。乾隆對香積庵里的蹊蹺之處感到不解，紀曉嵐道出此庵正是考生、考官行賄、受賄的交易場所，并懇請皇上不要打草驚蛇。看到發榜結果，考生們群情激憤。趙文龍、左山傀在和珅的指示下，欲讓吳盛欽裝瘋以擺脫考生們的包圍，然后派人將其滅口以掩蓋罪行，再嫁禍紀曉嵐。陰謀敗露，趙文龍、左山傀欲逃，敏德佯裝義正詞嚴地將兩人捉拿歸案。和珅擔心繼續追查下去會連累到自己，一方面以穩定民心為由勸乾隆適可而止，一方面殺趙文龍、左山傀滅口。

紀曉嵐義正詞嚴，歷數“監糧”案中上下官吏貪污、無恥的惡行，皇上萬分震驚。但鑒于牽扯人員太多，法不責眾，只將主犯王旦望正法，以震懾那些貪心亡命之徒。 貪官污吏被繩之以法，百姓歡呼雀躍，紀曉嵐不敢放松警惕，居安思危，某日，負責登記王旦望被抄沒家產的文書王斬柱，向紀曉嵐透露，王家贓物中不少貴重珍品已被私吞。 莫愁、小月閑來無事，拿和消遣，硬要他陪同逛街，三人信步來到一古玩店，竟有意外收獲，先后購得一枚蘇卿憐曾戴的頭飾和名畫《清明上河圖》。和明知這都是被官府沒收的贓物，命人告密，大內侍衛領兵查封了古玩店和當鋪，和又借機敲詐“監糧”案主審江南道御史陳輝祖。 從莫愁、小月的閑聊中，紀曉嵐得知贓物出處，陷入對這個“案中案”的沉思當中。 陳輝祖早就準備了一厚一薄兩本帳冊，應付府衙存檔，并決定將罪過推倒因害怕報復正逃之夭夭的王斬柱身上。

和珅安排賈三等人在停尸房附近縱火．并命打手任五趁亂給尸體做手腳，以制造他殺的假象。乾隆透露貴寧告紀曉嵐有結黨之勢。和珅推薦與三院毫無瓜葛的曹文埴再次驗尸。曹文埴被假象蒙蔽，上奏乾隆死者為他殺，乾隆大怒，命令逮捕海升。眾驗尸官均感事有蹊蹺卻也無奈。紀曉嵐與曹文埴擊掌鳴誓，約定為蒙冤之人討回公道。根據海升的指點，紀曉嵐果然在書中找到關于尸體傷痕作假的記載。面對劉構的威逼，海升一身凜然，誰知劉構出爾反爾，在騙得供詞后還執意要給海升上刑。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

書院承諾，只要考上本院便可分文不收，還保證中舉。正在紀曉嵐驚詫之時，窮書生徐有慶闖進考場，痛斥科舉考試的黑暗之處。紀曉嵐感嘆徐有慶才智兼備。經小月打探，此書院的贊助人為“驢肉先生”。紀曉嵐堅信其中有蹊蹺，決定追查下去。紀曉嵐與小月在一驢肉館遇到在此做工的徐有慶，徐有慶表示當今科舉考試已成為牟利賺錢的營生，清白的讀書人都以此不齒。紀曉嵐帶和珅來到坐落于驢肉胡同的和珅故邸，回想舊日辛酸，和珅承認自己就是驢肉先生以及自己愛才助才的苦心，并將紀曉嵐帶至書院。紀晚嵐驚訝地發現徐有慶就在其中，但言語卻猶如陌生人。紀曉嵐設局，讓乾隆假扮店小二以聽到和珅興辦書院的目的。和珅坦言，興辦書院只為培養自己勢力，治學是假，謀私是真。乾隆大怒，罰和珅承擔此次恩科考生的所有費用，并讓紀曉嵐頂替和珅管理書院。和珅到處去宣揚自己傾囊治學。當得知乾隆親自命題時，和珅買通乾隆身邊的太監王喜偷題。