小說(shuō)家萬(wàn)田年久在旅館里趕寫(xiě)小說(shuō)，在編輯島木催稿離開(kāi)房間后，萬(wàn)田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開(kāi)了旅館。萬(wàn)田路過(guò)柯南等人打簡(jiǎn)易棒球的場(chǎng)地，進(jìn)入了弟子原本高平的家。萬(wàn)田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進(jìn)入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬(wàn)田的不自然。

小林老師在圖書(shū)館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢(qián)包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書(shū)館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢(qián)包后離開(kāi)。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開(kāi)了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

傳說(shuō)中的幽靈鬼屋里住進(jìn)了一個(gè)奇怪的大叔，但當(dāng)柯南他們趕去調(diào)查時(shí)看見(jiàn)的卻是整齊的庭院。不幸的是這個(gè)整理庭院的大叔第二天就因病去世了，在庭院門(mén)口，少年偵探團(tuán)遇到了前來(lái)取畫(huà)的畫(huà)商并從他的口中得知住在這里的人是畫(huà)家和田，可是大家找遍了房子也沒(méi)能找到畫(huà)作，就在他們要放棄之時(shí)，來(lái)了兩名前來(lái)看畫(huà)的客人，而這個(gè)人正是和田失憶的阿姨，為了讓疼愛(ài)自己的阿姨恢復(fù)記憶，和田到底創(chuàng)作了怎樣一幅畫(huà)？

小五郎一行人駕車來(lái)到杯戶中央橋卻并沒(méi)有任何發(fā)現(xiàn)，這時(shí)，園子突然打來(lái)電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂(lè)隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來(lái)到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個(gè)身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對(duì)面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開(kāi)教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒(méi)有柯南的幫助，他們能否解開(kāi)暗號(hào)找到老師呢？