柯南、小蘭與小五郎因車(chē)子沒(méi)油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開(kāi)宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開(kāi)始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉(cāng)先生被人襲擊了。永倉(cāng)先生雖然沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但是犯人是誰(shuí)卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會(huì)那里派來(lái)的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺(jué)這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

警方對(duì)鱒渕進(jìn)行偵訊，而當(dāng)時(shí)他卻并沒(méi)有不在場(chǎng)證明并且之前他曾與船木發(fā)生過(guò)爭(zhēng)吵，所以警方認(rèn)定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊(duì)也展開(kāi)了調(diào)查，柯南注意到來(lái)往這里火車(chē)，認(rèn)為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機(jī)，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來(lái)過(guò)大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動(dòng)機(jī)以及她的手法到底是什么？

受園子的邀請(qǐng)，柯南和小蘭為出席大賀財(cái)團(tuán)繼承人大賀真哉的結(jié)婚酒宴乘新干線來(lái)到了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的員工高橋純一。但是在第二天的結(jié)婚儀式前，放在新娘的化裝間里大賀家傳家寶紅寶石戒指卻失蹤了！而新娘香取茜草也不知道被誰(shuí)綁架，在一系列偵查之后柯南終于發(fā)現(xiàn)了犯人的真正目的。

元太帶朋友們來(lái)到一家寵物店，沒(méi)想到居然發(fā)現(xiàn)了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現(xiàn)了本不該在這個(gè)季節(jié)出現(xiàn)的甲蟲(chóng)，為了進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲(chóng)博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅(qū)車(chē)趕往群馬，在這里他們認(rèn)識(shí)了博物館職員荒木、甲蟲(chóng)研究家榛名和雜志社編輯石田，當(dāng)?shù)弥拙粴⒌南⒑?，每個(gè)人都連忙推卸，但根據(jù)目前掌握的線索，兇手一定就在他們?nèi)酥小?/p>