追蹤光彥而來(lái)到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來(lái)是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來(lái)此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來(lái)兩人都只是為了來(lái)看螢火蟲(chóng)。

柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠(yuǎn)足，目擊了在山頂管理事務(wù)所工作的平井高也從山崖上掉下來(lái)。他們急忙到崖下去看時(shí)，平井已經(jīng)死亡。同事務(wù)所工作的近藤英一郎說(shuō)本來(lái)應(yīng)該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發(fā)現(xiàn)這不是突發(fā)事故而是一起殺人事件！而在調(diào)查之后柯南也發(fā)現(xiàn)了兇手的真實(shí)面目以及犯罪手法！

在公園與照顧貓的老奶奶大森靜結(jié)識(shí)的柯南他們，次日按約定來(lái)幫忙。但是，靜沒(méi)有出現(xiàn)，好象從前天起就沒(méi)回過(guò)公寓的樣子。為此擔(dān)心的柯南他們由于靜打理家務(wù)的女仆人的阻擾而沒(méi)能進(jìn)靜的家得到線索。就在一愁莫展之時(shí)，帶著老婆婆絲巾的貓布魯斯出現(xiàn)在柯南他們面前。柯南推斷出婆婆肯能被他人綁架，少年偵探團(tuán)開(kāi)始解救婆婆的任務(wù)！

解決了橫濱中華街的命案之后，小蘭突然倒地不起，在發(fā)高燒的情況下想起過(guò)去碰到的命案。那是與新一去紐約時(shí)發(fā)生的事情，有希子帶他們兩人一起去看話劇，在劇場(chǎng)門口與明星莎朗匯合后，大家一起去參觀開(kāi)演前的舞臺(tái)陳設(shè)，不想這時(shí)卻發(fā)生了意外，盔甲服裝從天花板上墜落，而其中一名女演員卻無(wú)法躲避，危機(jī)時(shí)刻，小蘭挺身而出。

柯南、小蘭與小五郎因車子沒(méi)油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開(kāi)宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開(kāi)始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！