茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開(kāi)槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒(méi)想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門(mén)口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

柯南在從大阪回來(lái)的新干線(xiàn)中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣(mài)者小倉(cāng)。途中車(chē)內(nèi)發(fā)現(xiàn)可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時(shí)留下高木警官的時(shí)候，犯人小倉(cāng)要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調(diào)查的過(guò)程中佐藤發(fā)現(xiàn)小倉(cāng)血跡的疑點(diǎn)，并推斷出這是他殺時(shí)間而非自殺。

佐藤警官推理出小倉(cāng)原本逃脫的計(jì)劃，柯南指認(rèn)出進(jìn)入廁所的關(guān)鍵的三人。在調(diào)查了三名嫌疑犯以及攜帶物品之后柯南解析出犯人的犯罪手法和遺留的證據(jù)。在“沉睡小五郎”的推理下指出了刀子方向的不自然方向套出了犯人的口誤。雖然兇手一再否認(rèn)，但隨聲攜帶的報(bào)紙成為了逃不掉的鐵證。在罪犯逃跑的過(guò)程中被高木警官一罐子擊暈，案子最終成功告破。

柯南眾人手表雖然找到了，但在護(hù)田家看MP4電影的出月被殺害了。柯南確信護(hù)田就是兇手，在調(diào)查了錄影帶機(jī)附近之后終于找到犯人利用錄影帶機(jī)而用花瓶砸暈出月的事實(shí)。而與此同時(shí)警局內(nèi)有關(guān)毛利的卷宗全部被翻閱過(guò)的事實(shí)讓柯南驚覺(jué)自己是不是被黑衣人組織再次盯上了。在解決時(shí)間之后柯南匆忙回到事務(wù)所發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無(wú)一人原來(lái)只是虛驚一場(chǎng)。

正當(dāng)少年偵探團(tuán)在西多摩郡龍神山游玩之時(shí)，突然從山上墜落一輛汽車(chē)。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個(gè)事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場(chǎng)拿到寫(xiě)著暗語(yǔ)的紙條。從寫(xiě)著暗號(hào)的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來(lái)到了暗號(hào)所指示的地點(diǎn)，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車(chē)輛和先前謀殺案的兇手。