柯南等人受邀參加假面超人影迷俱樂部的派對(duì)，派對(duì)還沒開始多久，突然沖出一名叫三島的男子將假扮成突擊警察的本田先生射殺，繼而自己又舉槍自盡。所幸的是本田穿了件防彈衣，只是輕微受傷，并無生命危險(xiǎn)。眼見不一定為實(shí)，在大家都以為三島是自殺的時(shí)候，柯南察覺到這其實(shí)是件蓄意謀殺案。

雖然少年偵探團(tuán)被發(fā)現(xiàn)且命懸一線，不過幸好柯南及時(shí)趕到，大家得以解救，至于這個(gè)黑衣女人根本不是組織里的人。回家的路上，灰原識(shí)破柯南的身份并說自己是黑衣組織的人，而阿笠博士現(xiàn)在已經(jīng)……，聽到這些，柯南匆忙趕去博士家卻發(fā)現(xiàn)博士安然無恙，而這時(shí)灰原也回到家，原來她因?yàn)榻憬愕氖虑橐呀?jīng)背叛了組織并且服用了和柯南一樣的藥讓身體變小，走投無路之下來到工藤家，被博士發(fā)現(xiàn)而收留。

收到市川產(chǎn)業(yè)的會(huì)長(zhǎng)的委托而且參加了在會(huì)長(zhǎng)家開的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調(diào)查了會(huì)長(zhǎng)的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時(shí)卻不慎被人暈倒，當(dāng)他起來趕往會(huì)場(chǎng)的時(shí)候市川卻因?yàn)橥话l(fā)心臟病倒地身亡。但市川真的是因?yàn)橥话l(fā)心臟病死亡卻引發(fā)了市川的女兒們的爭(zhēng)論。而從包里搜出的注射器的一重也成為了頭號(hào)嫌疑犯。但在柯南推理下最終發(fā)現(xiàn)了真兇的身份。

柯南沒想到元太等人也悄悄的跟著他，這時(shí)，俊野提起哥哥曾打來電說自己和夏目漱石一樣的小說家在一起，柯南仔細(xì)想了想便明白哥哥想要傳達(dá)的信息。一家在警局旁邊的報(bào)社引起了少年偵探團(tuán)的注意，柯南斷定這就是俊野哥哥被囚禁的地方，但警察卻不相信他們的話，無奈之下，柯南用變聲領(lǐng)結(jié)給暮目警官打電話，于此同時(shí)，元太等人卻私自潛入了報(bào)社……

小五郎受學(xué)生時(shí)代認(rèn)識(shí)的房東太太宗田光江之托，開導(dǎo)她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數(shù)次敲門無人回應(yīng)，光江用備份鑰匙把門打開，卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發(fā)現(xiàn)了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來醫(yī)科大學(xué)的房客城戶，但已經(jīng)為時(shí)已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認(rèn)為是被人抹殺，這時(shí)，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說這是密室殺人事件！