柯南在垃圾桶里發(fā)現(xiàn)了被丟掉的便簽紙，客房服務員也說自己曾在門外發(fā)現(xiàn)了一張寫有奇怪內(nèi)容的字條，這時，警方說在兇器電話線上發(fā)現(xiàn)了小五郎的指紋，案件的偵破進入了死胡同，兇手到底是誰呢？妃英理隨意的一句話提醒了柯南，沒錯兇手就是那個人！得知了真相以后，柯南、妃英理和警方聯(lián)手將兇手引入到他們設(shè)下的陷阱之中。

小五郎的事務所里來了一個叫春菜的大學生，委托小五郎找他的尋呼機朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機和音樂盒，那以后，春菜的尋呼機上出現(xiàn)了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發(fā)現(xiàn)秋悟在給春菜送出尋呼機之前就已經(jīng)死了，而走廊上還出現(xiàn)了奇怪的人影。接著眾人就發(fā)現(xiàn)已經(jīng)被擊暈的阿稔。

博士請大家在一個叫Peach Sunny的咖啡店吃甜點，期間，在靠窗位置有兩個正在爭吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時，突然沖進了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫的社長大原，意外發(fā)生時，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場看似意外的案件其實是有人蓄意殺害，那么，兇手是誰？他又采用了什么樣手法？

某日，一個叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當他們來到吉村所在的公寓剛準備上樓時，突然聽到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來之后，對吉村的公寓進行了仔細的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務之急是找出歹徒的同伙，當公車駛?cè)胨淼罆r，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間采取行動……