與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買(mǎi)了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

當(dāng)小五郎準(zhǔn)備再度去詢問(wèn)南里薰，卻在門(mén)外聽(tīng)到她的慘叫，還不等小五郎沖進(jìn)去，就從屋子里匆忙跑出了一個(gè)男子，幸運(yùn)的是南里薰并沒(méi)有被殺害，醒來(lái)之后，南里薰說(shuō)起了自己突然消失的男朋友安西，從小五郎的照片上可以看出，這個(gè)人也曾出現(xiàn)在米花飯店，這些原本不相識(shí)的人，因?yàn)檫@件古怪的命案被聯(lián)系了起來(lái)，柯南將安西、南里薰和美奈子一起找來(lái)，這兩起經(jīng)過(guò)完美設(shè)計(jì)的命案，即將真相大白！

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫(xiě)有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來(lái)小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來(lái)等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過(guò)商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開(kāi)這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？

放學(xué)后，小蘭在鞋柜里發(fā)現(xiàn)了一封情書(shū)，正當(dāng)她為此而煩惱時(shí)，遇到了曾在帝丹高中上學(xué)的學(xué)姐，她說(shuō)家里遭到了不明人士的入侵，可奇怪的是小偷不僅沒(méi)偷錢(qián)，反而還給她死去的丈夫上了一炷香，并且自己的日記也有被人查看過(guò)的跡象，期間學(xué)姐還談起了高中時(shí)期被自己拒絕過(guò)的男生，看過(guò)照片后，小蘭說(shuō)她今天見(jiàn)過(guò)這個(gè)男生，之后，園子將整個(gè)事件的來(lái)龍去脈推理出來(lái)，這時(shí)，學(xué)姐說(shuō)她還有一件事瞞著大家……

一個(gè)男子走路的時(shí)候差點(diǎn)被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團(tuán)發(fā)現(xiàn)，為確認(rèn)身份，大家打開(kāi)了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書(shū)，難道他準(zhǔn)備自殺？這時(shí)，這個(gè)叫真中的男子醒了過(guò)來(lái)，可他卻失去了記憶，光彥認(rèn)為他一定是遇到困難所以才想不開(kāi)，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個(gè)陰謀……