柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發(fā)現(xiàn)倉庫一片狼藉，在若狹老師不經(jīng)意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網(wǎng)打盡？

毛利小五郎撿到一張中了大獎的賽馬彩票，便帶著柯南和小蘭一起去壽司店慶祝。壽司店內(nèi)新來的廚師很喜歡推理，與毛利小五郎交談甚歡，期間有三名客人陸續(xù)來到壽司店用餐。就在大家酒足飯飽準備離開時，突然有一名客人沖進店內(nèi)，聲稱店里有人偷了自己的手包。隨后這名客人在壽司店的洗手間內(nèi)找到了遺失的手包，經(jīng)過一番檢查后，她告訴眾人自己丟了一張中獎的賽馬彩票。

黑田管理官公事纏身最近顯得很疲勞，白鳥警官建議他去露營場好好放松一下，正巧柯南一行人隨若狹留美老師也要去露營。在露營場地，柯南他們遇見了幾位白網(wǎng)大學籃球社的成員，隊員漆原史昭與其他成員關(guān)系鬧得很僵，籃球社經(jīng)理古岡美鳥想借此露營機會讓成員們彼此拉近感情。沒想到晚飯過后，漆原史昭所在的帳篷突然著火，眾人急忙滅火卻為時已晚。

根據(jù)友寄夫人的回憶，寫有打開機關(guān)盒方法的紙條被丈夫藏在了某本書中，眾人紛紛開始查閱圖書館中的藏書。柯南在回憶友寄夫人所言之后，頓悟了紙條被藏匿的方法，并推理出紙條所在的書籍。正當眾人齊心協(xié)力想要從書中找出紙條時，圖書館突然停電陷入一片黑暗，柯南等人趕緊前往放置機關(guān)盒的展廳，卻發(fā)現(xiàn)基德早已留下卡片逃之夭夭。