莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

張了了慌稱要去探望戲園的師傅，紀曉嵐感到好奇，便跟隨前往，眼見張了了進了戲園，紀曉嵐無功而返。等候在戲園里的劉全將和珅的指示吩咐給張了了，要其依計行事，念及柳哥的安危，張了了含淚答應。張了了為南下購置了許多東西并賒了賬。小月和杏兒偷聽到盧焯命令盧安用郭天的女兒瑤琴要挾郭天冒認罪行，一蒙面人擲石提醒盧焯，小月和杏兒追趕，卻遇到了張了了，引起小月起疑。瑤琴和丫鬟春桃在進香時遭到盧安的劫持。紀曉嵐讓小月前去搭救瑤琴，和珅找尋至此，意欲勸紀曉嵐放盧焯先走，紀曉嵐巧妙利用于丑交替之時，將決定權推到和珅身上。

福康安來勢洶洶，必欲加害紀曉嵐，不想迎面而來的竟是當今圣上，原來，太后、皇上一行已返回京城。紀曉嵐撫琴，小月吟唱，一曲《葬花吟》令人蕩氣回腸。紀曉嵐抓住時機，對紅樓極盡贊美之詞，并聲明《石頭記》就是《紅樓夢》，作者蒙受了不白之冤。使曾下令禁毀此書的皇上格外為難。 太后鐘情“紅樓”，紀曉嵐將書稿送入慈寧宮，并讓湘云伴讀，有了太后庇護，此書當逃被毀厄運。 皇上就書中是否有反清復明的傾向征求和、福康安意見，和受陳未元賄賂，建議改寫后四十四，以符合人倫禮教。 太后對紅樓人物津津樂道，每日與湘云品書說書，湘云天真，指望太后能幫她擺脫與陳未元的不幸婚姻，拂逆了其骨子里的三綱五常，被請出宮門。紀曉嵐利用和貪贓受賄，心中有鬼的心理，寧可放棄被之霸占的三幅字畫珍品，要求和出面，向陳未元施加壓力，給湘云自由。 太后聽信讒言，將湘云發配與其夫陳未元離京回原籍，紀曉嵐萬不得已，懇請皇上，他的坦蕩襟懷，至性至性終于感動了上蒼，然而一切都太晚了，湘云在百般痛楚中已自刎身亡。

紀曉嵐在眾信徒面前一一揭露了李二設下的騙局。眾信徒醒悟，李二只得低頭認罪。紀曉嵐將當初留在海升之妻身上的四指掐痕與任五的手印做對比，兩者吻合，乾隆意識到海升被陷害。紀曉嵐讓海升與小芳做臨別遺言，兩人真情流露，隔壁的乾隆終于了解了冤情。乾隆下令嚴懲真兇，并賜海升與小芳完婚。早朝之時，乾降于閑談之中指出朝廷里存在結黨營私、欺上瞞下的現象，百官皆心虛不已，噤若寒蟬。下朝后，和珅竭力表示自己一身清白，卻偏偏遇到了正在等候自己的同黨——浙江巡撫盧焯。

小芳自首，表示自己殺死了姐姐。紀曉嵐責怪小月擅自將海升之事告訴小芳，將事態嚴重化。貴寧、賈三光天化日要劫走香兒，香兒在廝打中不慎撞死。當聽說逃走的打手是長了四指的任五，紀曉嵐豁然開朗。得知小芳就是昔日選秀時大鬧順貞門的人，乾隆派紀曉嵐和綿恩重審小芳。小芳公堂之上自欖罪責，紀曉嵐讓海升與其對質，海升與小芳爭相認罪，紀曉嵐與和珅陪乾隆去戒臺寺。方丈受紀曉嵐委托。將李二原本為一村夫野漢，卻因得到官宦輔佐而搖身一變成為活佛的真相告知乾隆。紀曉嵐發現任五藏匿在此。在豆腐坊無意中得知黃豆受潮發芽的力量足以頂動石頭而得出佛像破土而出是因為土中埋有黃豆的結論后，紀曉嵐找到綿恩，讓其派兵捉拿李二以及任五。