妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內的死并非自殺而是經過策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官決定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過程中，小五郎以辯方的特別證人出現，他不但說明了竹內夫婦早已名存實亡的婚姻，還將五年前竹內違法建筑案的內幕也說了出來，然而最關鍵的竹內死亡之謎還是由柯南道出真相！

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒有生命危險，本以為這是場單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經過，如此看來這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來了小此木的外甥和她未婚妻一倉分別進行了偵訊卻并未發現異常，這時，“日本第一倒霉的男人”立松說歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說嗎？

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫院找姐姐的時候發現了關于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫院向護士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫院打聽水無憐奈的事情。

本堂瑛佑再次造訪毛利事務所，就在大家聚在一起討論許久未露面的歌手板垣時，來了一對父子，孩子說他曾在一座大橋上目擊到頭發像鋸子一般的板垣的尸體，還看到處理尸體的人身上有釘子紋身并且在他們的周圍還有錘子形狀的物體，小五郎認為這不過是小孩子撒謊的把戲，然而本堂通過摸他脖子上的脈搏判斷真假，這一幕讓柯南想起的水無，不禁開始懷疑本堂。之后，為了找尋更多線索，大家決定尋找這個小目擊者所說的大橋。

柯南、少年偵探團、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運送螢火蟲的貨車到達。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結隊的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達時，發現中嶺已經死在車內，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內還飛著一只……螢火蟲。。。