警察局的小五郎案件調(diào)查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報的美國女演員克麗絲。同時柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報，一起去朱蒂的家里。就在這時從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準(zhǔn)備以自殺事件結(jié)案的時候平次指出了他殺的證據(jù)。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之一)小五郎收到了一個署名Vermouth寄來的萬圣節(jié)宴會邀請函，其中還附有一封奇怪的信件，而另一邊，工藤新一也受到了同樣的邀請，可其中的信件卻是寄給柯南的，這或許與黑暗組織相關(guān)，雖然灰原極力阻止，但柯南依舊堅持前往。宴會當(dāng)晚，各種“鬼怪”齊聚一堂，小五郎，園子以及木乃伊、美杜莎、狼人、鐘樓怪人被分為一組，自稱是工藤新一的隱形人也加入了他們，在幽靈船船長的主持下，瘋狂的恐怖宴會正式開始！

元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發(fā)現(xiàn)了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現(xiàn)了本不該在這個季節(jié)出現(xiàn)的甲蟲，為了進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅(qū)車趕往群馬，在這里他們認(rèn)識了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當(dāng)?shù)弥拙粴⒌南⒑螅總€人都連忙推卸，但根據(jù)目前掌握的線索，兇手一定就在他們?nèi)酥小?/p>

柯南和小蘭跟著小五郎來到關(guān)門海峽，還在這里認(rèn)識四個高中時代就是同學(xué)的年輕人，沒想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場證明，偵訊過后四個人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

為了慶祝由貴的朋友澤口圭子的生日和留學(xué)而召開了慶祝派對，小蘭，柯南和小五郎也被邀請參加。除此之外參加者還有圭子，還有富堅順?biāo)竞鸵爸幸粯洹５窃谂蓪﹂_始不久，喝下葡萄酒的圭子卻突然倒下！警方在檢查圭子的酒杯后發(fā)現(xiàn)毒藥，而下毒的方法卻成了謎題。柯南在充分調(diào)查之后最終發(fā)現(xiàn)了犯人下毒的手法。