社長(zhǎng)夫人就好像是在簽名的時(shí)候被默默溜進(jìn)來的幽靈毒害了一樣，就像是寄給服部奇怪信件的人類擅自虛構(gòu)出來的不正常的存在所下的毒手。門把和拖鞋上所撒的毒粉只是掩人耳目的手段，而饑餓的玉郎也是因?yàn)橘Z斯特羅錯(cuò)覺選擇了有毒的蛋糕，和高木警官的對(duì)話后柯南和服部已經(jīng)知道了兇手的辦案手法，但他們現(xiàn)在依然缺少?zèng)Q定性的證據(jù)。

柯南一行人在阿笠博士的陪同下一起去山上露營，在柯南和博士前去買東西時(shí)碰巧遇到了世良真純。另一方面，在山上撿拾柴火的灰原等人碰到了正在掩埋尸體的可疑人物，無法與柯南聯(lián)系的他們只能逃到了山中的小木屋內(nèi)，但讓他們沒想到的是這里便是兇案的事發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，在柯南等人開始調(diào)查三個(gè)有嫌疑的人時(shí)小木屋卻燒起來了。

通過新架設(shè)的偵探事務(wù)所網(wǎng)頁得到了一份乍看之下很簡(jiǎn)單的委托，當(dāng)小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見面場(chǎng)所后依然沒有見到委托人，再次回到事務(wù)所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開事務(wù)所的他們發(fā)覺了其中的蹊蹺，再次回到事務(wù)所的他們準(zhǔn)備揭穿嫌犯的手法，但在這時(shí)他們卻聽到了廁所里傳來的槍聲。

根據(jù)綁架犯的做法柯南判斷是熟悉阿笠博士家的人所為，而最近前來查看古董壺的三組人便成了被懷疑的對(duì)象，他們所發(fā)來的小貓照片是小蘭媽媽上傳的音像，而這一切只是為了帶走步美的借口，因?yàn)樗麄冋嬲哪康氖前Ⅲ也┦績(jī)r(jià)值連城的波斯地毯。通過阿笠博士對(duì)三組人的描述后柯南鎖定了目標(biāo)，而步美的耳朵和真正地毯上都留有決定性的證據(jù)。

以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過來，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。