少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起去露營(yíng)，沒(méi)想到不但迷了路就連車(chē)子也爆了胎，大家只好到深山里只住著一位老婆婆的房子借宿，隨后，又來(lái)了三個(gè)同樣因迷路而趕來(lái)過(guò)夜的三個(gè)年輕人。然而就在光彥半夜目擊到老婆婆磨刀后，三名男女中的大庭茜被人用利刃刺傷脖頸，失血過(guò)多而死，警方立刻介入調(diào)查，并在這件屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了多把刀具。

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲(chóng)時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲(chóng)的貨車(chē)到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車(chē)上的箱子，螢火蟲(chóng)便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲(chóng)，爬上了貨車(chē)，隨手拿走了貨車(chē)上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲(chóng)時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車(chē)內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車(chē)內(nèi)還飛著一只……螢火蟲(chóng)。。。

這天小五郎和柯南看到警車(chē)駛過(guò)，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場(chǎng)。原來(lái)是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說(shuō)家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說(shuō)齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。

警方將這三人都帶到了地下停車(chē)場(chǎng)，他們分別是兒島、稻垣和玄田，根據(jù)受害者指著元太說(shuō)“L”的信息，步美和光彥就認(rèn)為歹徒是與元太名字相近的家伙，便分別對(duì)他們提出質(zhì)疑，但都被柯南否定。與此同時(shí)，柯南也已經(jīng)知道了歹徒的身份，他躲在阿笠博士身后，用變聲領(lǐng)結(jié)說(shuō)出了真相！

在找到的眾多刀具中，并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士發(fā)現(xiàn)自己帶來(lái)露營(yíng)用的錘子也不見(jiàn)了蹤跡，就在柯南思考兇手為何拿走錘子時(shí)，步美正準(zhǔn)備向魚(yú)缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，斷定兇器就在魚(yú)缸中，那么兇手就一定是他！期間，柯南還發(fā)現(xiàn)了婆婆幾十年前就離家的孫子翔太，許久未見(jiàn)，孫子又會(huì)以什么樣的表情面對(duì)婆婆呢？