最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

董卓欲廢舊立新，自己登基做皇帝。董卓在京城濫殺無辜，一片暴亂。袁紹曹操（鮑國安飾）丁原等人反對董卓此舉，董卓舉兵殺向丁原，不料丁原手下呂布勇武。手下謀士提議說服呂布來投，只需赤兔即可。呂布被策反，取丁原頭顱投靠董卓，董卓依靠呂布再次召集眾臣商議廢除皇帝之事，再次遭到袁紹曹操的反對，董卓不顧反對，進軍長安，垂簾聽政。

十常侍以張讓為首，均為大內近臣。董太后與何皇后為了兒子奪取皇位爾虞我詐。何進其人膽識能力手腕相當有限，不成大事。袁紹、曹操（鮑國安飾）均在何進帳下，見識具在一干人等之上，果不愧為之后一方霸主。然而，袁紹算計甚多，終不及曹操如此正氣之感。何進為除去十常侍召董卓入京。遭曹操反對。何進便諷他：“孟德乃宦官之后，故而懷有私情。”十常侍知道了何進的意圖，便告知何后，假借求饒之故，將何進騙入宮中，殺之。又虜去皇帝劉辯、陳留王劉協。曹操率兵追緝。

鳴人被大筒木一族困在神樹，桃式瘋狂抽取九尾查克拉，并嘲笑忍者是他們的查克拉口糧。佐助和我愛羅、長十郎、黑土、達魯伊以及博人突襲大筒木基地，鳴人和博人父子倆終于相互理解，鳴人的忍道同樣激勵了博人。桃式眼看戰局不利，吞食了大筒木同伴的力量，爆發終極殺手锏。"

佐良娜滿懷期待來到了父親佐助面前，但佐助卻誤將佐良娜當成了敵人，面對佐良娜的諸多疑問佐助卻用冷漠的態度搪塞了過去，這樣的結果讓佐良娜失望透頂，而佐助也有著自己的難言之隱。在鳴人安慰佐良娜時擁有寫輪眼的敵人出現了，自稱宇智波信的敵人揚言要復活曉，在鳴人和佐助聯手御敵的時候小櫻也趕了過來。