在大富翁拉面王野口兵五郎的告別式上，大打出手的姊妹花野口由利與妹妹野口美紀(jì)。與野口家是世交，同時(shí)也來參加喪禮的鈴木園子，出面阻止兩人打架。就在此時(shí)，毛利蘭接到園子家里打來的電話，園子與由利竟然遭到綁架。新一與小蘭偕同刑警馬上來到野口家的公司，綁匪打電話來表示要求10億圓的鉆石當(dāng)作贖金...

柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長津川表示自己也不清楚，警察做了簡單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長曾鬼鬼祟祟的來過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識(shí)了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來到毛利偵探事務(wù)所，說總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰才是真正的兇手。

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說這件事是自己做的，而他的母親卻說是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡單，便和園子偷偷溜到理事長室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長室揭露了兇手。