以幕末的長(zhǎng)崎為舞臺(tái)，有坂本龍馬擔(dān)任的偵探而活躍的推理劇，正在負(fù)責(zé)寫(xiě)腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫(xiě)了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調(diào)查了耕作房間的柯南等人發(fā)現(xiàn)了許多古董美術(shù)品竊盜團(tuán)的簡(jiǎn)報(bào)，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續(xù)的劇本傳送過(guò)來(lái)，在劇本中出現(xiàn)了奇怪的臺(tái)詞。

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問(wèn)話(huà)，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒(méi)有辦法利用麻醉槍。無(wú)法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場(chǎng)推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

裝滿(mǎn)水果的寶箱（后篇）

少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱(chēng)所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

在小蘭做出大膽舉動(dòng)的同時(shí)新一也開(kāi)始了推理，當(dāng)沢栗熏得知最后離開(kāi)妹妹房間的人是光井后，便將槍口指向她，但新一卻說(shuō)兇手不是她，緊接著他說(shuō)起了死者的成名推理作品，將沢栗未紅與書(shū)中主人公的命運(yùn)向聯(lián)系，正是這種亦真亦幻的錯(cuò)覺(jué)導(dǎo)致她自殺死亡，聽(tīng)到新一這樣的推理，沢栗熏難以接受，就在他精神崩潰之時(shí)，警察沖進(jìn)來(lái)將他制服，雖然最大的威脅解除，但這起案件并未結(jié)束。