柯南他們與正在公園找尋東西的高木刑事相遇。原來他在這里調(diào)解吵架后，不小心把遺失了警察手冊。高木刑事調(diào)解的當事人之一是無名的歌手半崎，好象就住在公園附近。柯南他們分頭找尋半崎，卻不見他人影。正要放棄時半崎在公園里出現(xiàn)。柯南眾人發(fā)現(xiàn)半崎的疑點，在偵查推理之后眾人救下了顯遭殺害的杉山。高木也找回了自己的警察手冊。

發(fā)燒的小哀醒過來發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當小哀以為教授被黑衣人殺害的時候發(fā)現(xiàn)只是誤會。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認為他可能多少知道一點黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時出島卻意外死亡！

園子的大伯次郎吉因為怪盜基德曾經(jīng)搶了他大出風(fēng)頭的機會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報紙上向基德下戰(zhàn)書，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說自己會走著去盜取“藍色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

白鳥警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒有當場死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會，而導(dǎo)致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復(fù)警察。

柯南等人通過電訊公司查到了三個可疑人士，之后，他們又分別向當時不明人打電話的出處進行確認，最終將目標鎖定在一家以推理家命名的店，店主說當時打電話的是一個帶著墨鏡常來光顧的客人，于是，柯南等人迅速趕往此處，正巧遇到了這名客人，就在小五郎要上前詢問時，柯南將他麻醉，把事情的來龍去脈說的一清二楚，并利用小孩子的身份，從墨鏡男口中騙取了這個手機的號碼，警方順藤摸瓜，找到了手機主人的住處，還發(fā)現(xiàn)了有關(guān)賄賂的賬簿。