在酒店吃飯時(shí)，一個(gè)神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢(xún)問(wèn)得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒(méi)有報(bào)警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來(lái)電話(huà)要錢(qián)，遠(yuǎn)藤聽(tīng)到了兒子說(shuō)有螃蟹和鯨魚(yú)，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線(xiàn)索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚(yú)的地方，柯南想起了漏掉的線(xiàn)索，順利找到有「螃蟹和鯨魚(yú)」的地方，將人質(zhì)解救。

柯南和小蘭受邀請(qǐng)一起去參加初中老師松本的婚禮，沒(méi)想到婚禮還沒(méi)有開(kāi)始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個(gè)習(xí)慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因?yàn)槟鞘撬r(shí)候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶里下毒來(lái)毒害松本的。在觀看了錄像之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的目的，最后柯南讓兇手現(xiàn)出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

小五郎的學(xué)長(zhǎng)寺岡請(qǐng)他們吃烤肉的時(shí)候，突然接到一個(gè)名叫松山的人的電話(huà)，為勸說(shuō)此人回歸正道，寺岡匆忙趕去約見(jiàn)的碼頭，小五郎也要求一同前往，小蘭和柯南尾隨其后，到達(dá)碼頭后，寺岡單獨(dú)去見(jiàn)松山，可不一會(huì)兒，大家就聽(tīng)到了槍聲，松山因手槍走火意外死亡。暮目警官說(shuō)手槍上除了寺岡和松山還有第三個(gè)人的指紋，柯南仔細(xì)思考之后，斷定這枚指紋就是讓犯人認(rèn)罪的完美證據(jù)。

柯南在朋友們?nèi)D書(shū)館做讀書(shū)報(bào)告時(shí)，警察突然來(lái)詢(xún)問(wèn)圖書(shū)館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開(kāi)。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來(lái)過(guò)一次，等他離開(kāi)后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書(shū)館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒(méi)想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

毛利偵探事務(wù)所來(lái)個(gè)叫典子的女人，她拜托小五郎幫她調(diào)查一個(gè)叫北川的人的住址。某天，柯南看到一身穿喪服去掃墓的典子，便暗中跟蹤，她離開(kāi)后，柯南從典子的朋友那里得知，原來(lái)此人是典子的男友，但在六月份遇車(chē)禍而死，察覺(jué)到典子找北川是想復(fù)仇，他趕緊打電話(huà)給小五郎，當(dāng)大家趕北川住處時(shí)，典子已至，柯南利用她死去男友最?lèi)?ài)的蝦蛄仙人掌讓她放棄復(fù)仇。