警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉(cāng)庫(kù)里，不知為何柯南與小五郎也在場(chǎng)。警方突破倉(cāng)庫(kù)門進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場(chǎng)混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉(cāng)庫(kù)里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

千葉警官在警局四處詢問有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽(yáng)奈的女高中生來到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

這天，鐵頭、姜小牙和米小圈一起上學(xué)，當(dāng)時(shí)三個(gè)人優(yōu)哉游哉嘴里還啃著母親早上做的早餐，當(dāng)時(shí)米小圈還抱著一個(gè)大熱狗，正吃得津津有味，忽然一輛大卡車直接沖著他們?nèi)齻€(gè)人過來，當(dāng)時(shí)鐵頭和姜小牙嚇得哇哇大叫，米小圈離卡車最近，幾秒鐘的功夫，兩只眼睛一抹黑，直接栽倒在地上。等米小圈緩緩睜開眼睛，發(fā)現(xiàn)自己與死亡擦肩而過，卡車翻倒在他旁邊，恰好留下一個(gè)空隙，這個(gè)空隙中就有米小圈，真是萬(wàn)幸中的萬(wàn)幸啊，米小圈從驚懼中爬起身，不遠(yuǎn)處，鐵頭抱著姜小牙也跌倒在地，姜小牙在地上坐起，發(fā)現(xiàn)自己在鐵頭的懷抱中毫發(fā)無損，頓時(shí)感激涕零，視鐵頭如再生父母，米小圈當(dāng)場(chǎng)就語(yǔ)塞，平日里與鐵頭形影不離，關(guān)鍵時(shí)刻鐵頭卻選擇了保護(hù)姜小牙。當(dāng)天，學(xué)校便因?yàn)殍F頭英勇救人的事情引起軒然大波，作為學(xué)校有名的通訊小記者何詩(shī)雨特意來到米小圈班級(jí)采訪調(diào)查，李黎艷羨地看著何詩(shī)雨，這個(gè)全校文明的小記者，不僅有傲嬌的外貌，并且頭腦及其靈活，每次寫出的采訪稿都能夠轟動(dòng)全校，果真何詩(shī)雨采訪了米小圈班級(jí)同學(xué)，只撿對(duì)鐵頭有利的說，用生動(dòng)形象的語(yǔ)言把鐵頭塑造成一個(gè)妥妥的小英雄。米小圈開始和鐵頭疏遠(yuǎn)，鐵頭成了名人，卻一臉不開心，好像總是一副畏首畏尾的模樣，放學(xué)了，鐵頭拉

和柯南推測(cè)的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個(gè)從現(xiàn)場(chǎng)消失的名叫淺香的保鏢，其真實(shí)身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時(shí)候聽到了電視臺(tái)打給毛利小五郎的電話，號(hào)稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時(shí)又一起兇殺案發(fā)生了。

柯南醒來后發(fā)現(xiàn)自己身在一個(gè)狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習(xí)慣后他才發(fā)現(xiàn)自己被困在了棺材里，能聽到風(fēng)聲這一點(diǎn)證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務(wù)所保險(xiǎn)柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團(tuán)會(huì)長(zhǎng)的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯(lián)系呢？