某天，柯南發(fā)現(xiàn)有人正在搶劫運鈔車，雖然奮力追趕，但還是讓搶匪驅(qū)車逃跑，之后，警方發(fā)現(xiàn)搶匪的車并認(rèn)定這是一起單純地?fù)尳偈录？墒虑椴⑽淳痛私Y(jié)束，參與搶劫的兩名搶匪被殺，并在兇案現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了銀行職員廣田亞美的口紅，雖然亞美嫌疑最大但案件還有許多疑點，這時，柯南意識到她有危險，用發(fā)信器追蹤到達(dá)后亞美已死，而這件事的幕后黑手居然是……

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門說的電話邀請他們到自己的家里來。原來菊右衛(wèi)門是讓小五郎來看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉庫拿新作的時候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會中土屋益子也因為醉酒不起而被抱回了房間中。但在第二天早上，從倉庫里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過去的時候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。

小五郎因趕著去看洋子演唱會，從樓上摔下而骨折，和他同病房的有一個老人和因車禍?zhǔn)軅哪贻p人。某天，柯南和朋友們?nèi)メt(yī)院看望小五郎時，碰見老人的兒子關(guān)口，當(dāng)大家討論起近期發(fā)生的銀行搶劫案時，關(guān)口和同病房的年輕人都神色怪異，注意到這點的柯南，暗中觀察得知關(guān)口被那伙銀行強(qiáng)盜威脅，但最終在柯南和少年偵探團(tuán)的幫助下，關(guān)口的女兒得以解救。

柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開往北海道的特快列車北斗星三號，在通過隧道的時候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車窗射穿跳出車外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過程簡直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說一模一樣，期間一個言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。

破解密碼后，元康留下的線索居然是……案件解決之后，小蘭找借口把柯南帶到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，這時，工藤的母親有希子從美國回來，在她的幫助下，柯南逃過了小蘭的質(zhì)問。 次日，有希子帶柯南來到鄉(xiāng)下，原來她是受兒時朋友廣美所托，來鑒別剛從巴西回來的叔父義房的「真假」，晚上，義房說他早就知道大家的懷疑，并從身上拿出一封恐嚇信。