柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀念1號店，聚集了眾多相關者開宴會。而從設計石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現馬島社長死在了石庭的中央！

電視臺為了舉辦一場東西推理大對決，便邀請小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺的工作人員事先搭船到發(fā)現不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準備返回時，卻在海灘上發(fā)現了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進行推理時，送他們來的船只和船長也消失了蹤影。

毛利偵探事務所來了三個委托人。要求調查失蹤的著名的系統(tǒng)工程師板倉，三人是不同游戲公司的職員，受板倉委托開發(fā)各自不同的軟件。小五郎根據三人發(fā)來的郵件里的畫像，找到了賓館的房間，但是，和委托人一起去的時候發(fā)現板倉已經死亡。在柯南的提示之下暮目警官發(fā)現了板倉被綁的真相并判斷此次事件為他殺事件！

就在警方和小五郎集中精力思考兇手是如何調換毛巾時，柯南卻重返飯桌，回憶當時自己為拿醬油和辣油轉旋轉桌面時的場景，這時他突然想到或許兇手根本就不是用有毒毛巾殺人的可能，在向鑒識人員確認了自己的想法后，兇手浮出水面，他讓所有人都按照案發(fā)時的位置做好，并重現當時的場景，而兇手卻在不知不覺間自己露出了馬腳。

小蘭去找新娘香取茜草時，卻發(fā)現休息室內空無一人，于是柯南和小蘭等人分頭行動。根據那張繡球花的照片，柯南在噴泉的雕像上找到了丟失的紅寶石戒指，可是茜草依舊不見蹤影，小蘭和園子在風車木屋附近找到了茜草的一只高跟鞋，便斷定她一定是被人綁架了，這時，時鐘響起柯南聽出了其中的怪異，便循著聲音找到了茜草，可茜草卻說真正有危險的是阿妙婆婆……