柯南被小五郎拜托照顧一個(gè)叫圣誕的兩歲孩子，因?yàn)樗膵寢屖幼罱偸潜徊幻魅耸扛櫍谑切∥謇砂抵羞M(jìn)行保護(hù)，沒想到在茂子幫清潔公司送衣服是時(shí)候被人綁架，為解救人質(zhì)尋找更多的線索，柯南和圣誕來到他的家里進(jìn)行調(diào)查，在一片狼藉的屋內(nèi)柯南發(fā)現(xiàn)了鳥的羽毛，這一定是從歹徒身上掉下來的，之后，他和圣誕一起展開了行動(dòng)，最終柯南找到綁架犯，而這一切竟然是一場(chǎng)無聲的誤會(huì)！

就在光彥撥通報(bào)警電話之時(shí)，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團(tuán)的各位陷入了危機(jī)，就在這時(shí)步美注意到柯南發(fā)出的信號(hào)，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機(jī)打電話來分散犯人的注意力，但因?yàn)槁曇籼蠓炊l(fā)了犯人的注意。而此時(shí)犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計(jì)謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r(shí)候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因?yàn)槟_底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都沒有不在場(chǎng)的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當(dāng)大伙兒再次來到菜園進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)調(diào)查時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。

小五郎受到一個(gè)名叫立李三可的委托，帶著柯南和小蘭一起來到群馬縣調(diào)查真相，途中他們遇見了德備六朗和荒巖，并從他們口中得知了11年前有一個(gè)名叫辰彥的孩子在旅館附近的河中溺斃而亡的事件，這與信中所提及的殺人案有何聯(lián)系？辰彥父親同時(shí)也是約見地點(diǎn)光羅旅館的老板沼山伴藏也讓人覺得很怪異，次日清晨，滿身都是刺鼻氣味液體的伴藏死在了旅館的頂樓房間，難道是小蘭昨晚在河邊看到的河童下的毒手嗎？

阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時(shí)來了一輛前往東京的車子，車主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對(duì)情侶說要找到柯南把他弄個(gè)半死之類的話，驚恐的灰原趁機(jī)打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？