一名老護(hù)士告訴柯南，她以前見(jiàn)過(guò)英祐并且在他小的時(shí)候還因白血病做過(guò)手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對(duì)醫(yī)院的病人進(jìn)行了排查，其中最具嫌疑的有三個(gè)人，為找出那個(gè)在醫(yī)院調(diào)查水無(wú)憐奈的人，柯南想出了一條妙計(jì)，他直接與這三個(gè)嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來(lái)的行動(dòng)中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

小說(shuō)家萬(wàn)田年久在旅館里趕寫(xiě)小說(shuō)，在編輯島木催稿離開(kāi)房間后，萬(wàn)田化裝成服務(wù)生，帶著貓咪諾貝爾離開(kāi)了旅館。萬(wàn)田路過(guò)柯南等人打簡(jiǎn)易棒球的場(chǎng)地，進(jìn)入了弟子原本高平的家。萬(wàn)田從代理作者原本那里得到原稿后，將其殺害了。而偶然將球打入的柯南一行進(jìn)入房間后發(fā)現(xiàn)了被殺的原本。柯南則發(fā)現(xiàn)了萬(wàn)田的不自然。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過(guò)了木暮警官，這時(shí)，警方找到了一個(gè)裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個(gè)發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書(shū)也成了懷疑的對(duì)象。另一方面，水無(wú)憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

警察在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)筆記本，上面以流動(dòng)日記的形式寫(xiě)著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據(jù)這個(gè)筆記本，大和警官推測(cè)兇手就是因?yàn)閮?nèi)疚而動(dòng)手殺人的繁次。但是還有疑點(diǎn)并未解開(kāi)，于是，柯南和服部?jī)扇嗽俅蝸?lái)到了綾華的死亡現(xiàn)場(chǎng)，并從一名警察那里聽(tīng)到了關(guān)鍵的線索，兇手就是……

工藤收到屋田誠(chéng)人的信，信上說(shuō)他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊。柯南只身來(lái)到了信上所說(shuō)的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開(kāi)始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過(guò)去，服部一行帶著新一來(lái)到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)日源村長(zhǎng)家，并在這里碰見(jiàn)了記者河內(nèi)深里以及屋田誠(chéng)人的同學(xué)水川萌生。