柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

夜晚園子心血來(lái)潮帶著小蘭和柯南來(lái)公園里觀賞銀河，不料卻在花壇里發(fā)現(xiàn)了一起行兇案。園子透過(guò)望遠(yuǎn)鏡看到了一雙女子的手，她手上的戒指正在被兇手摘下，園子過(guò)于震驚沒(méi)有看到兇手的長(zhǎng)相。之后園子大概確定了行兇案的方向，帶著小蘭和柯南組成女高中生偵探團(tuán)去破解這樁行兇案。

正在公園里踢足球的少年偵探團(tuán)突然聽(tīng)到一聲慘叫，房間里沖出來(lái)一個(gè)人慌張的讓他們報(bào)警，此人正是受害人小久保女士的侄子。所有可能殺害小久保女士的人都有著不在場(chǎng)證明，就在眾人一籌莫展時(shí)，小久保女士生前飼養(yǎng)的八哥引起了柯南的注意，這只一直口出惡言的八哥為解開案件提供了關(guān)鍵的線索。

受宿里村村長(zhǎng)之邀，柯南和平次等人共同前往宿里村尋寶。到達(dá)旅店后，通過(guò)與其他幾位考古學(xué)家和歷史學(xué)家交談，他們得知在寶藏的埋藏之處曾發(fā)生過(guò)塌方事故，其中一位外國(guó)挖掘隊(duì)員在彌留之際寫下了意為“鵺”的字條，而鵺正是傳說(shuō)中極為兇猛的怪獸。飯后當(dāng)眾人準(zhǔn)備回房休息，平次卻突然發(fā)現(xiàn)門前失火，眾人在火中看到了體型巨大的怪獸。為了一探究竟的柯南和平次在追蹤怪獸的過(guò)程中，卻發(fā)現(xiàn)了倒在血泊中已經(jīng)喪命的歷史學(xué)家。

平次與和葉邀請(qǐng)小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準(zhǔn)備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時(shí)間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒(méi)有生命危險(xiǎn)，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過(guò)血跡找到真兇，萬(wàn)萬(wàn)沒(méi)想到店內(nèi)的幾個(gè)客人身上均未發(fā)現(xiàn)血跡。正當(dāng)案件調(diào)查一籌莫展時(shí)，店內(nèi)一名自稱和田進(jìn)一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。